보통 Illumina로 NGS분석을 진행하면 fastq.gz로 된 파일을 2개 받을 수 있다. 해당 파일을 각각 1.fastq.gz, 2.fastq.gz라고 가정하고 분석을 진행할 수 있다. 모든 것은 리눅스 환경에서 진행한다. 먼저 NOVOPlasty에서 config.txt에서 다음과 같은 값들을 셋팅한다. (괄호 안은 지울 것)Project: ----------------------- Project name = Plant_A (프로젝트 이름) Type = chloro Genome Range = 150000-160000 (예상 크기) K-mer = 27 (예시. 조정 필요) Max memory ..

비슷한 DNA 염기서열이나 단백질 아미노산서열을 alignment하여 차이나는 부분과 일치하는 부분을 각각 확인하기 쉽도록 sequence alignment하는 방법 중 가장 대표적인 방법이 clustalw이다. Clustal Omega는 웹에서도 작동되어서 염기서열을 직접 복사 붙여넣기로 입력하거나 파일을 업로드하여 웹에서 돌릴 수도 있다. 장점은 프로그램을 설치하지 않아도 되고 명령어를 몰라도 쉽게 사용할 수 있지만, 단점은 염기서열의 크기가 클 경우에는 업로드 및 작동이 되지 않는다. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new m..