비슷한 DNA 염기서열이나 단백질 아미노산서열을 alignment하여 차이나는 부분과 일치하는 부분을 각각 확인하기 쉽도록 sequence alignment하는 방법 중 가장 대표적인 방법이 clustalw이다. Clustal Omega는 웹에서도 작동되어서 염기서열을 직접 복사 붙여넣기로 입력하거나 파일을 업로드하여 웹에서 돌릴 수도 있다. 장점은 프로그램을 설치하지 않아도 되고 명령어를 몰라도 쉽게 사용할 수 있지만, 단점은 염기서열의 크기가 클 경우에는 업로드 및 작동이 되지 않는다. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new m..

NGS분석을 진행하면 mapping결과 BAM파일이 생성된다. BAM파일은 SAM파일을 binary형태로 바꾼 파일로, reference genome과 위치 정보를 불러와서, NGS로 sequencing한 조각들이 각각 어디에 위치하게 되는 것인지, reference genome과 sequence차이(SNP, InDel 등)이 어떻게 나타나는지 등을 확인 가능하다. BAM파일은 여러 가지 조각들을 reference genome에 맞춰서 배열한 것이기 때문에 용량도 크고, 단일 염기서열의 파일인 fa나 fasta파일과는 차이가 있다. BAM파일을 분석한 결과, 해당 분석이 잘 진행되어서 BAM을 통해서 reference genome이 아닌 분석된 샘플의 유전체에 대한 예상되는 염기서열을 추출하고 싶을 때는..

centOS에서 rpm 명령어로 프로그램을 설치할 때, 다음과 같은 오류가 발생하였다. rpm: /usr/local/lib/liblzma.so.5: version `XZ_5.1.2alpha' not found (required by /lib64/librpmio.so.3) 해결방안 cd /usr/local/lib/ unlink liblzma.so.5 cd /lib64/ cp liblzma.so.5.2.2 /usr/local/lib/ ln -s -f liblzma.so.5.2.2 liblzma.so.5 이후 다시 rpm 설치를 진행하니 성공하였다. 참고: https://blog.csdn.net/lhmood/article/details/107431930?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_m..

서버 컴퓨터인 cent OS에서 서버 관리자가 아닌 경우, yum 명령어로 프로그램을 설치할 수 없는 경우가 있다. https://centos.pkgs.org/ 에서 필요한 rpm패키지를 다운로드 받은 후, sudo rpm -ivh 파일이름.rpm 으로 실행한다.

Hisat2-build를 실행했을 때, 다음과 같은 오류가 발생했다. /usr/bin/env: python: Permission denied python의 권한 문제인가 싶었지만, python --version 명령어는 정상적으로 작동했다. which python으로 봤더니 python이 설치된 경로가 /usr/bin/python3인 것 같았다. 아마도 hisat2-build 내부 스크립트에서 설정한 python 설치 경로(/usr/bin/env)와 실제 존재하는 경로(/usr/bin/)가 달라서 일어나는 오류인 모양이다. 해결방법은 hisat2-build 대신 python '/hisat2가 설치된 경로/hisat2-build'로 실행하니 실행되었다. python '/hisat2가 설치된 경로/hisat..

원본 글 출처: https://blog.naver.com/tinz6461/222296002269 [Ubuntu] 크롬 원격 데스크톱 설치 및 블랙스크린 해결 방법 윈도우와 달리 우분투(리눅스) 환경에서는 크롬 원격 데스크톱을 설치하는 방법이 조금은 까다로워서 오늘... blog.naver.com 기본적인 설치와 해결 방법은 같으나, gedit으로 열었을 때 나오는 것이 살짝 달라서 추가함. 컴퓨터가 달라서 그런 것인지, 구글 크롬 원격 데스크톱의 버전이 바뀌면서 달라진 것인지는 모르겠음. 1. 구글 크롬 원격 데스크톱 종료 /opt/google/chrome-remote-desktop/chrome-remote-desktop --stop 2. 디스플레이 번호 확인. echo $DISPLAY :1 (나는 1이..