리눅스(5)
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clustalw로 여러 염기서열을 alignment하기
비슷한 DNA 염기서열이나 단백질 아미노산서열을 alignment하여 차이나는 부분과 일치하는 부분을 각각 확인하기 쉽도록 sequence alignment하는 방법 중 가장 대표적인 방법이 clustalw이다. Clustal Omega는 웹에서도 작동되어서 염기서열을 직접 복사 붙여넣기로 입력하거나 파일을 업로드하여 웹에서 돌릴 수도 있다. 장점은 프로그램을 설치하지 않아도 되고 명령어를 몰라도 쉽게 사용할 수 있지만, 단점은 염기서열의 크기가 클 경우에는 업로드 및 작동이 되지 않는다. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new m..
2023.01.11 -
rpm으로 설치할 때, `XZ_5.1.2alpha' not found 오류
centOS에서 rpm 명령어로 프로그램을 설치할 때, 다음과 같은 오류가 발생하였다. rpm: /usr/local/lib/liblzma.so.5: version `XZ_5.1.2alpha' not found (required by /lib64/librpmio.so.3) 해결방안 cd /usr/local/lib/ unlink liblzma.so.5 cd /lib64/ cp liblzma.so.5.2.2 /usr/local/lib/ ln -s -f liblzma.so.5.2.2 liblzma.so.5 이후 다시 rpm 설치를 진행하니 성공하였다. 참고: https://blog.csdn.net/lhmood/article/details/107431930?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_m..
2022.11.30 -
CentOS에서 yum 명령어를 사용하지 않고 프로그램 설치
서버 컴퓨터인 cent OS에서 서버 관리자가 아닌 경우, yum 명령어로 프로그램을 설치할 수 없는 경우가 있다. https://centos.pkgs.org/ 에서 필요한 rpm패키지를 다운로드 받은 후, sudo rpm -ivh 파일이름.rpm 으로 실행한다.
2022.11.30 -
Hisat2-build에서 /usr/bin/env: python: Permission denied 오류
Hisat2-build를 실행했을 때, 다음과 같은 오류가 발생했다. /usr/bin/env: python: Permission denied python의 권한 문제인가 싶었지만, python --version 명령어는 정상적으로 작동했다. which python으로 봤더니 python이 설치된 경로가 /usr/bin/python3인 것 같았다. 아마도 hisat2-build 내부 스크립트에서 설정한 python 설치 경로(/usr/bin/env)와 실제 존재하는 경로(/usr/bin/)가 달라서 일어나는 오류인 모양이다. 해결방법은 hisat2-build 대신 python '/hisat2가 설치된 경로/hisat2-build'로 실행하니 실행되었다. python '/hisat2가 설치된 경로/hisat..
2022.11.30 -
우분투 구글 크롬 원격 데스크톱 블랙스크린 해결 방법
원본 글 출처: https://blog.naver.com/tinz6461/222296002269 [Ubuntu] 크롬 원격 데스크톱 설치 및 블랙스크린 해결 방법윈도우와 달리 우분투(리눅스) 환경에서는 크롬 원격 데스크톱을 설치하는 방법이 조금은 까다로워서 오늘...blog.naver.com기본적인 설치와 해결 방법은 같으나, gedit으로 열었을 때 나오는 것이 살짝 달라서 추가함. 컴퓨터가 달라서 그런 것인지, 구글 크롬 원격 데스크톱의 버전이 바뀌면서 달라진 것인지는 모르겠음. 1. 구글 크롬 원격 데스크톱 종료/opt/google/chrome-remote-desktop/chrome-remote-desktop --stop 2. 디스플레이 번호 확인.echo $DISPLAY:1 (나는 1이 나옴..
2022.11.12