리눅스 환경에서 NGS 데이터를 이용한 엽록체 조립 및 시각화 가이드 (NOVOPlasty, R)

보통 Illumina로 NGS분석을 진행하면 fastq.gz로 된 파일을 2개 받을 수 있다. 해당 파일을 각각 1.fastq.gz, 2.fastq.gz라고 가정하고 분석을 진행할 수 있다. 모든 것은 리눅스 환경에서 진행한다. 먼저 NOVOPlasty에서 config.txt에서 다음과 같은 값들을 셋팅한다. (괄호 안은 지울 것)Project: ----------------------- Project name = Plant_A (프로젝트 이름) Type = chloro Genome Range = 150000-160000 (예상 크기) K-mer = 27 (예시. 조정 필요) Max memory ..

2026.01.06